9月29日，國家發改委官網發布消息稱，目前，相關省(區、市)已全部完成重點流域水污染防治項目的投資計劃分解備案工作。
上述消息稱，下一步，國家發改委將按照《重點流域水污染防治項目管理辦法》等有關規定，嚴格落實監管主體責任、明確監管內容、建立健全自查抽查和專項稽察制度，充分運用投資項目在線審批監管平臺，加強項目組織實施，強化資金項目的監督檢查，切實提高資金投資效益。
記者從公開資料了解到，今年多地陸續發布消息稱已完成投資計劃的分解備案工作。不少地方的重點流域水污染防治項目以污水處理廠和垃圾焚燒發電廠為主。
今年7月5日，福建省南平市發改委官網發文稱，福建全省共8個重點流域水污染防治相關設施建設投資項目，安排南平市5個項目，獲資金補助2670萬元。其中，建陽垃圾焚燒發電廠配套飛灰(渣)填埋場工程400萬元，建甌市川石鄉污水處理廠及一期配套管網建設項目670萬元，順昌縣嵐下鄉污水處理廠工程及配套管網工程320萬元，順昌縣生活垃圾處理配套收運系統建設工程380萬元，政和縣鎮前鎮污水處理廠及配套管網工程900萬元。
《嘉興日報》7月6日報道，浙江省發改委下達了浙江省重點流域水污染防治2016年中央預算內投資計劃，嘉興10個項目獲得資金8050萬元，分別占中央下達該省項目數和資金數的50%、45%，連續四年保持全省領先。
7月14日，廣西發改委官網曾發文稱，廣西壯族自治區發展改革委分解下達了重點流域水污染防治2016年中央預算內投資計劃，桂林市山口生活垃圾焚燒發電工程獲得補助資金5920萬元。
9月29日，國家發改委官網還發布另一條消息表示，為更好地指導“十三五”時期流域水環境綜合治理工作，國家發展改革委在總結“十二五”時期流域綜合治理經驗教訓的基礎上，編制并印發《“十三五”重點流域水環境綜合治理建設規劃》，進一步研究探索流域綜合治理新思路。
新思路大致體現在四個方面，強調治理水污染要突出重點，有序推進;推行分類施策，提高治理工作的針對性、有效性;編制治理方案，提高治理工作的系統性;加大資金籌措，促進模式創新。
