跨界河流污染是制約水環境治理的瓶頸。記者從北京市水務局了解到，北京市將河湖劃分成14個流域，實施“一河一策”，打破過去行政區劃治理模式，對河湖進行全流域系統治理。
結合每條河流的實際情況，北京市水務部門編制了“一河一策”實施方案，針對性地開展全流域水環境治理，防止發生上游污染影響下游治理成果的問題。各個流域治理的側重點也不完全相同。比如密云水庫、官廳水庫、潮白河流域等以水源保護為主;北運河、清河、涼水河流域等以污水治理為主;永定河流域則以生態修復和保護為主。
北京市水務局分析，當前影響北京水環境的突出問題是向河道內偷倒垃圾渣土及違法建設等，這些問題多發生在行政區劃交界處。
根據“一河一策”相關目標清單，密云水庫將開展集中式飲用水源地保護區劃定，嚴格密云水庫、白河堡水庫水源保護區范圍內新建、改建、擴建項目審批;開展分散式農村飲用水源地環境狀況評估。北運河流域推進溫榆河濕地公園(一期)、大運河水夢園濕地等2個濕地項目和北運河生態溝渠治理的前期工作;定期排查流域內主要入河排污口;完成非建成區20條(段)黑臭水體治理等。
北京還將建立河長約談機制，督促各級河長及相關部門切實履行職責，約談未履行職責或履行職責不到位的河長及相關部門，提出整改要求并督促整改到位。
