中國科學院東北地理與農業生態研究所，是中國科學院設在東北地區的綜合性地理學、農學、生態學、環境科學與技術研究機構和人才培養基地，于2002年由原中國科學院長春地理研究所和原中國科學院黑龍江農業現代化研究所整合組建而成。研究所重點開展農業生態、濕地生態、遙感與地理信息、環境與區域發展等學科領域的研究，于2002進入中國科學院知識創新工程序列，2015年進入中國科學院“率先行動”計劃特色研究所改革序列。“十四五”期間，研究所按照“四個率先”和“兩加快一努力”的要求，加快打造四大學科基礎研究原始創新策源地，加快突破黑土地保護、濕地恢復及種業發展關鍵核心技術，努力搶占科技制高點，全面開展“黑土糧倉”科技會戰，旨在為保障國家糧食安全、生態安全和東北老工業基地振興做出基礎性、戰略性和前瞻性貢獻。
人才隊伍不斷壯大，人才結構逐漸優化。東北地理所現有各類職工554人，80%以上具有研究生學歷。歷年入選中國工程院院士1人，雙聘院士6名，國家百千萬、杰青、優青等國家級人才計劃10人，院級人才計劃29人。國家“973計劃”、國家重點研發計劃、國家科技基礎性工作專項、國家科技支撐計劃等項目首席科學家12人，國務院政府特殊津貼獲得者60人。
科研平臺穩步發展。研究所構筑了包括1個國家研究中心、1個國家地方聯合工程中心、4個中國科學院重點(工程)實驗室、2個所級研究中心、13個野外實驗臺站，多個農業研究與示范基地的科學研究及技術示范體系。黑土地保護與利用國家重點實驗室納入中科院首批13個典型性國家重點實驗室建設重組序列。建立了國家濕地研究中心、作物分子設計育種國家地方聯合工程中心、中國科學院濕地生態與環境重點實驗室、中國科學院黑土區農業生態重點實驗室、中國科學院大豆分子設計育種重點實驗室、中國科學院遼河源水源地生態農業工程實驗室;打造了遙感與地理信息研究中心、東北區域發展研究中心;建設了黑龍江省黑土生態重點實驗室、吉林省生態恢復與生態系統管理重點實驗室、吉林省草地畜牧重點實驗室、長白山濕地與生態吉林省聯合重點實驗室、大豆分子設計育種吉林省工程研究中心、吉林省黑土地保護和產能提升工程研究中心等省級研究平臺。建成以黑龍江三江沼澤濕地國家站和興凱湖湖泊濕地國家站為核心、涵蓋東北主要濕地類型的濕地觀測網絡，以黑龍江海倫農田生態系統國家站和吉林大安農田生態系統國家站為核心的東北農業監測網絡，以及中科院凈月潭遙感實驗站等野外研究站。在東北地區還建有遼河源生態農業、梨樹保護性耕作、三江平原白漿土改良等多個研究與示范基地。
60多年的耕耘，東北地理所取得了累累的科研碩果。創建了我國沼澤濕地學科理論體系，系統開展全國沼澤資源調查和重要生態效益評估，揭示我國沼澤濕地形成與發育規律，首次實現了中高緯度濕地景觀格局重建。出版了我國第一部《中國沼澤志》，編制了第一套《中國沼澤圖》，建設了第一個國家級濕地觀測研究站—三江平原沼澤濕地試驗站，建設了我國濕地植物標本館及“中國沼澤濕地數據庫”;研發了退化濕地恢復技術和蘇打鹽堿濕地葦-蟹/魚-稻復合生態模式，建立了退化濕地恢復標準。闡明了黑土演化過程與驅動機制，合作研發“梨樹模式”，率先提出了“龍江模式”等黑土保護和利用關鍵核心技術;研發和創新集成松嫩-三江平原中低產田治理關鍵技術、蘇打鹽堿地頂級植被快速恢復技術和大規模以稻治堿改土增糧技術、作物高光效新型種植模式;首次克隆了控制大豆開花期的最大位點基因E1以及控制大豆長青春期性狀的經典基因J，在國際上率先建立大豆分子設計育種理論體系和最大容量的大豆突變體庫;育成東北優勢作物大豆、水稻和玉米30多個新品種，其中多個品種被列為國家主推品種，“東生”系列10個大豆品種已全部獲得市場轉化，品種轉讓資金超過2000萬元;農業科技成果推廣面積累計達2.4億畝。研制機載三頻段微波輻射計，奠定了我國衛星微波遙感器研究和應用基礎;建設東北地區時空分辨率最高的資源環境信息庫;主持編制吉林省、黑龍江省主體功能區劃。
建所以來，發表SCI論文3000余篇，其中Ⅰ區和Ⅱ區SCI論文500余篇;部分成果發表在Nature、Science、Nature Genetics、PNAS、Plant Cell、Global Change Biology等國際頂級期刊;濕地領域發表SCI論文數量居國內首位、全球第四;黑土領域發表SCI論文數量居國際前列。獲得國家授權專利327項，軟件著作權登記證書123項。研究所共獲得科技獎勵200余項，其中，國家科技進步一等獎2項(第一完成單位1項)，第一完成單位獲得國家科技進步二等獎3項、省部級一等獎23項。
研究生培養質量不斷提高。研究所現有地理學、生態學、環境科學與工程、農業資源與環境4個一級學科博士培養點和博士后科研流動站，6個博士學位授予專業和9個碩士學位授予專業。現有在站博士后67人，在學博士生139人、在學碩士生136人，聯合培養研究生200余人。自1981年招生以來，培養博士、碩士研究生1306名。共有150名研究生榮獲中科院院長獎等各類冠名獎，有517名研究生榮獲中國科學院大學三好學生、三好學生標兵、優秀畢業生稱號;有47名研究生獲得國家獎學金;有24名導師榮獲中科院優秀教師、朱李月華優秀導師等獎勵。
國內外合作交流不斷拓展和深入。研究所與國內優秀的科研機構、大學、創新企業聯手，建立協同創新體系和成果轉移轉化體系;與中國農科院，吉、黑兩省農科院，新疆農墾科學院等進行聯合攻關;與吉林大學、東北師范大學、延邊大學、吉林農業大學、東北農業大學等開展協同創新;與吉、黑兩省各級政府，黑龍江省農墾總局，相關創新企業共同開展成果轉讓與示范推廣。不斷拓展與世界知名研究機構和大學的合作，與俄羅斯科學院、濕地國際、美國國家濕地中心、路易斯安那州立大學、澳大利亞聯邦科學與工業研究組織(CSIRO)和埃迪斯科文大學、日本北海道大學等建立了穩定的合作機制。
東北地理所建成的跨學科所級公共技術服務中心擁有國家CMA計量認證資質，建有中國科學院所級科學數據中心。主辦了《Chinese Geographical Science》、《地理科學》、《濕地科學》、《土壤與作物》4個期刊，其中《Chinese Geographical Science》被國際《科學引文索引》(SCI)收錄，《地理科學》被公認為國內地理學3大核心期刊之一。《地理科學》入選中國地理資源領域高質量科技期刊分級目錄T1級，《Chinese Geographical Science》和《濕地科學》入選T2級。掛靠學術組織和學會有：國際濕地科學家學會中國分會、世界黑土聯合會、國際濕地研究聯盟、國家濕地研究中心、中國科學院濕地研究中心、中國生態學學會濕地生態專業委員會、吉林省地理學會、吉林省遙感學會、黑龍江省黑土資源保護利用學會、黑龍江省山野菜資源保護與利用學會等，其中世界黑土聯合會、國際濕地研究聯盟入選“一帶一路”國際科學組織聯盟(Alliance of International Science Organization, ANSO)的專題聯盟。
和諧奮進的創新文化支撐研究所實現跨越發展。60多年來，研究所形成了以人為本、開放合作、兼容并蓄的創新文化和“團結、務實、開拓、發展”的東地精神。2004年榮獲“全國五一勞動獎狀”。多位科學家榮獲中國地理科學成就獎、中科院竺可楨野外工作獎、全國“五一”勞動獎章、全國“三八”紅旗手、全國創新爭先獎、全國優秀科技工作者、全國野外科技工作先進個人、吉林省“五一”勞動獎章、吉林省優秀共產黨員標兵、中科院優秀共產黨員等殊榮。
