南京水利科學研究院建于1935年，原名中央水工試驗所，是我國最早成立的綜合性水利、交通、能源科學研究機構；2001年被確定為國家級社會公益類非營利性科研機構。主要從事基礎理論、應用基礎研究和高新技術開發，承擔水利、交通、能源等領域中具有前瞻性、基礎性和關鍵性的科學研究任務，與水利部大壩安全管理中心（水利部水閘安全管理中心）一體化管理，兼作水利部應對氣候變化研究中心、水利部基本建設工程質量檢測中心、水利部水文儀器及巖土工程儀器質量監督檢驗測試中心、水利部大壩安全監測中心。
歷經80多年的發展，南京水科院已發展成為擁有50多個具有鮮明特色和優勢的專業研究方向、在國內外具有重要影響的水利科研機構。現設水文水資源研究所、水工水力學研究所、河流海岸研究所、巖土工程研究所、材料結構研究所、大壩安全與管理研究所、水利部農村電氣化研究所、水利部南京水利水文自動化研究所、農村水利研究所、生態環境研究所、海洋資源利用研究中心等研究機構和南京瑞迪建設科技有限公司等研發機構。建有水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室和國家級國際聯合研究中心，以及水利、交通、能源行業9個部級重點實驗室、技術研發中心、工程技術研究中心。承辦并定期公開出版8種學術期刊（包含英文期刊）。建有院本部科研及科技創新基地、鐵心橋水科學與水工程實驗基地、滁州水文實驗基地和國家防汛抗旱總指揮部辦公室防洪演練基地、杭州農村電氣化與再生能源研發基地、當涂科學試驗及科技開發基地、無錫河湖治理研究基地。
南京水科院秉承“勤奮、嚴謹、求實、創新”的科研精神，堅持“科學、規范、誠信、卓越”的質量方針，組織開展重大科學技術問題研究，取得了一大批重要研究成果，以黃文熙院士、嚴愷院士、竇國仁院士、沈珠江院士、張建云院士、胡亞安院士等為代表的科技工作者為我國的水利、交通、能源的建設做出了重要貢獻。自1978年全國科技大會至2021年底，南京水科院獲得國家和省部級科技進步獎793項，其中國家級獎勵84項。出版專著535部，獲國家發明和實用新型專利1139項。
全院現有科研人員1300余人，其中中國工程院院士2名、英國皇家工程院外籍院士1名，國家有突出貢獻中青年專家、“國家特支計劃”百千萬工程領軍人才等國家和部省級人才90余名，具有高級以上職稱700多人，是國家創新人才培養示范基地，榮獲“全國專業技術人才先進集體”稱號。南京水科院是國家首批相關學科博士、碩士學位授予權單位，現有水利工程、土木工程一級學科博士點和碩士點，材料科學與工程、環境科學與工程一級學科碩士點，土木水利博士和碩士專業學位點，并設有水利工程博士后科研流動站。
南京水科院已與80多個國家和地區的高等院校和科研院所建立了良好合作關系并擁有直接進出口權。
