2013年12月31日，國家發展和改革委員會、水利部、國家衛生和計劃生育委員會、環境保護部和財政部聯合印發了《農村飲水安全工程建設管理辦法》（發改農經﹝2013﹞2673號，以下簡稱《辦法》），對農村飲水安全工程職責分工、項目實施、資金管理、建后管理等方面做出了詳細規定。

對于職責分工，《辦法》規定，農村飲水安全保障實行行政首長負責制，地方政府對農村飲水安全負總責，中央給予指導和資金支持，各有關部門要在政府的統一領導下，各負其責，密切配合，共同做好農村飲水安全工作。

對于項目實施，《辦法》規定，農村飲水安全項目區別不同情況由地方發展改革部門審批或核準。對實行審批制的項目，項目審批部門可根據經批準的農村飲水安全工程規劃和工程實際情況，合并或減少某些審批環節；中央投資規模計劃下達后，各省級發展改革部門要按要求及時會同省級水利部門將計劃分解安排到具體項目。

《辦法》規定，各地的項目審批程序和權限劃分，由省級發展改革委商同級水利等部門確定。各地可以根據當地政府批準的規劃編制初步設計或實施方案（達到初步設計深度），初步設計或實施方案經水利部門提出審查意見后，由發展改革部門審批。

《辦法》規定，農村飲水安全項目管理實行分級責任制，工程建設實行項目法人責任制，推行用水戶全過程參與工作機制，國家安排的農村飲水安全項目要全部進行社會公示，項目建設完成后，由地方發展改革、水利部門商衛生計生等部門及時共同組織竣工驗收。

對于資金籌措與管理，《辦法》規定，農村飲水安全工程投資，由中央、地方和受益群眾共同負擔。中央對東、中、西部地區實行差別化的投資補助政策，加大對中西部等欠發達地區的扶持力度。地方投資落實由省級負總責。在中央下達建設總任務和補助投資總規模內，各具體項目的中央投資補助標準由各地根據實際情況確定。

農村飲水安全工程建設實行項目法人責任制。對“千噸萬人”以上的集中供水工程，要按有關規定組建項目建設管理單位，負責工程建設和建后運行管理；其他規模較小工程，可在制定完善管理辦法、確保工程質量的前提下，采用村民自建、自管的方式組織工程建設，或以縣、鄉鎮為單位集中組建項目建設管理單位，負責全縣或鄉鎮規模以下農村飲水安全工程建設管理。

對于建后管理，《辦法》規定，農村飲水安全工程項目建成經驗收合格后要及時辦理交接手續，明晰工程產權，明確工程管護主體和運行管理方式，完善管理制度，落實管護責任和經費，確保長期發揮效益。由政府授予特許經營權、采取股份制形式或企業、私人投資修建的供水工程形成的資產歸投資者所有，由按規定組建的項目法人負責管理。

在不改變工程基本用途的前提下，農村飲水安全工程可實行所有權和經營權分離，通過承包、租賃等形式委托有資質的專業管理單位負責管理和維護。

農村飲水安全工程水價，按照“補償成本、公平負擔”的原則合理確定。水費收入低于工程運行成本的地區，要通過財政補貼、水費提留等方式，加快建立縣級農村飲水安全工程維修養護基金，專戶存儲，統一用于縣域內工程日常維護和更新改造。

原則上應以縣為單位，建立農村飲水安全工程管理服務機構，建立健全供水技術服務體系和水質檢測制度，加強水質檢測和工程監管，提供技術和維修服務，保障工程供水水量和水質達標。要全面落實工程用電、用地、稅收等優惠政策，切實加強工程運行管理，降低工程運行成本。加強農村飲水安全工程從業人員業務培訓，提高工程運行管理水平，保障工程良性運行。

各級水利、環境保護等部門要按職責做好農村飲水安全工程水源保護和監管工作。農村飲水安全工程管理單位負責水源地的日常保護管理，要實現工程建設和水源保護“兩同時”，做到“建一處工程，保護一處水源”；加強宣傳教育，積極引導和鼓勵公眾參與水源保護工作；確保水源地管理和保護落實到人，責任落實到位。

本辦法自發布之日起施行，原《農村飲水安全項目建設管理辦法》（發改投資[2007]1752號）同時廢止。我國農村飲水安全工程規模小、數量多、分布廣，建設和管理難度大，《辦法》的出臺，對于進一步加強農村飲水安全工程建設和管理，確保工程建設質量，促進農村飲水安全工程長效運行具有重要意義。