中國土木工程學會水工業分會的前身是中國建筑學會市政工程學術委員會。十年動亂結束后，學會和行業協會開始復蘇。1978年12月中國建筑學會市政工程學術委員會在濟南恢復成立，給水排水學科的老前輩顧康樂先生任主任委員，給水排水和城市道橋、城市防洪專業一并包括在該委員會內，開展學術交流活動。隨著我國改革開放之后四化建設的大規模發展，廣大給排水專業的科技人員、工程設計人員迫切希望能有一個獨立的學會組織，通過開展國內外的學術交流活動，促進行業科技進步，滿足日益增多的供水廠和污水處理工程建設的需求。1984年12月在無錫召開的“全國城建系統給水排水勘察設計30周年學術交流會”上，老一代專家學者與參會的90余名工程設計代表聯名提出了“關于成立中國給水排水學會的倡議書”。
當中國土木工程學會從原掛靠在鐵道部轉由城鄉建設環境保護部接管后，市政工程學術委員會也由建筑學會調整到土木學會。1985年2月由城鄉建設環保部城建司向中國土木工程學會提出了成立給水排水學會的申請報告，并上報中國科協。同年9月中國科協批復，同意在土木學會內成立給水排水專業委員會。1985年11月在泰安市召開的市政工程學術委員會年會期間，舉行了給水排水專業委員會的成立大會。1987年，更名為中國土木工程學會給水排水學會。1999年改稱中國土木工程學會水工業分會。
第一屆理事會（1985.11-1990.5）理事長為王業俊先生（中國市政工程華北設計院原總工程師），第二屆理事會（1991.5-1996.6）理事長為許保玖先生（清華大學教授），第三屆理事（1996.6-2002.5）理事長為聶梅生女士（建設部科技司司長），第四屆理事會（2002.5 - 今） 理事長為聶梅生女士。
第一屆理事會期間學會掛靠在建設部城建司。1991年上級學會根據《中國土木工程學會分科學會組織條例》，分科學會應掛靠在本專業領域內具有較高科技水平，熱心支持學會工作，并能提供人力、物力、財力資助的企事業單位的規定，決定自1991年起掛靠在北京市市政工程設計研究總院。
1985年在泰安成立給水排水專業委員會時，為了健全下屬組織機構，便于開展深入學術交流活動，便決定成立專業學組。在給水排水專業委員會改稱學會后，學組改為專業委員會。1986年5月排水專業委員會在天津成立，掛靠中國市政工程華北設計院；1986年10月給水專業委員會在上海成立，掛靠上海市政工程設計院；同期機電專業委員會在貴州成立，掛靠中國市政工程東北設計院；1987年3月結構專業委員會在貴陽成立，掛靠北京市市政工程設計研究總院；同期建筑給水排水專業委員會在西安成立，掛靠上海市民用建筑設計院（現在的上�，F代建筑集團）；1990年4月工業給水排水委員會在紹興成立，掛靠在北京化學工業研究院，1994年起掛靠化工部第三設計院。
為了專題研討的需要，在專業委員會下還先后設立了不作為常設機構的專題研討會30余個。
水工業分會是以設計院、大專院校、科研院所為主體，廣泛聯系水務管理、自來水公司和污水處理廠等水工業企業的工程技術人員組成的學科學術組織。其宗旨是開展學術交流，推動行業科技進步，促進水工業科學技術發展與繁榮。
自1978年開始學術活動至今已32年，自1985年成立獨立的給水排水學術組織以來也已25年了，一句話自改革開放以來，在建設部領導下，在中國土木工程學會帶領、指導下，始終圍繞以完成“六五”至“十一五”各歷史階段的給水排水工程建設和環境治理為目標，以分會為平臺，組織開展了大量的不同層次的國內外學術與技術交流研討活動，為促進我國水工業領域的科技進步與創新，進行了卓有成效的工作。其成果主要表現在：一是取得了大量的學術專著、科研與科技交流成果，以及關于中國水工業的系列論著；二是這些成果直接促進了給水排水工程設計從科技信息、設計技術、設計手段和裝備落后的狀態中迅速擺脫出來，以適應國家經濟建設快速發展的要求，完成了一批又一批的給排水現代化工程設計，把科學技術轉化為生產力，有的工程已達到了國際先進水平；三是促進了我國自己的各專業配套齊全的完整的給水排水工程設計規范標準體系的建立和完善；四是促進了大專院校和科研院所的教育事業的進步與研究開發，為工程設計、建設、管理提供了寶貴的智力與科技支持；五是直接促進和帶動了我國水工業制造業從無到有、到發展和繁榮；六是引領和促進了教育、研究、設計、建設、管理、運營、制造業企業，或者按照水工業體系的組成部分說，水工業企業、水工業制造業和水工業高新技術產業之間的合作共贏的產業鏈的建立和密切聯系。同時作為對外窗口之一，也與國外同業組織建立了密切的交往和聯系。
回顧分會的歷史沿革，我們不能忘記我國給水排水學科的奠基者、開拓者顧康樂、陶葆揩、過祖源先生，不能忘記我們學會的倡建者并為學會發展做出杰出貢獻的王業俊、吳正淮、鐘淳昌、錢崇湛等老總和楊欽先生等已經謝世的前輩，他們的大師風范長留我們心中！不能忘記至今仍然健在但年事已高的以許葆玖名譽理事長為首的，曾經擔任過學會領導或名譽理事為學會工作和行業發展做出過重大貢獻的，至今仍然關心學會發展的李遠義、許京騏、宋仁元、沈大年等德高望重的老學者、老專家，讓我們敬祝他們健康長壽！不能忘記歷屆建設部的領導與城建司、科技司、人事司等有關部門所給與的的領導、支持和監管，不能忘記中國土木工程學會歷屆領導和秘書處的指導與支持，以及兄弟學會、協會給與的幫助與協作。我們的給水排水事業、我們的學會就是這樣在新老交替、繼往開來中，在不斷地傳承、改革、創新和協作中發展壯大的。
在住房與城鄉建設部部領導的直接關懷下，在中國土木工程學會譚慶璉理事長、張雁秘書長的直接指導與幫助下，在中國城鎮供水排水協會李振東會長、邵益生秘書長的大力支持下，通過清華大學的專家學者的積極建議和全體理事的共同努力下，水工業分會第五次理事會順利召開，我們應該向關心、指導和支持分會的各位領導、部門和為行業發展不遺余力做出奉獻的新老理事們表示衷心的感謝和崇高的敬意！水工業分會第五屆理事會在成立25年的新起點上，一定會更加朝氣蓬勃、生機煥發，取得新的更大的成就。
