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| 少年班學院 |
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| 數學科學學院 |
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數學系 |
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| 計算與應用數學系 |
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| 概率統計系（籌） |
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| 物理學院 |
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物理系 |
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| 近代物理系 |
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| 光學與光學工程系 |
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天文學系
工程與應用物理系
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| 化學與材料科學學院 |
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化學物理系 |
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應用化學系
材料科學與工程系
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| 化學系 |
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| 高分子科學與工程系 |
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| 工程科學學院 |
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近代力學系 |
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| 精密機械與精密儀器系 |
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| 熱科學和能源工程系 |
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| 安全科學與工程系 |
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| 信息科學技術學院 |
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電子工程與信息科學系 |
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| 自動化系 |
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| 電子科學與技術系 |
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| 信息安全專業 |
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| 地球和空間科學學院 |
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地球物理與行星科學技術系 |
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地球化學與環境科學系 |
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| 生命科學與醫學部 |
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| 生命科學學院 |
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| 附屬第一醫院 |
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| 計算機科學與技術學院 |
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| 管理學院 |
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工商管理系 |
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管理科學系 |
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統計與金融系 |
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| 公共事務學院 |
| 人文與社會科學學院 |
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外語系 |
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| 馬克思主義理論教學研究部 |
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| 人文素質教學研究部 |
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| 科技哲學教研部 |
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| 體育教學部 |
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| 科技史與科技考古系 |
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| 科技傳播與科技政策系 |
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| 現代藝術中心 |
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| 大數據學院 |
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| 材料科學與工程學院(中國科學院金屬研究所) |
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| 天文與空間科學學院(紫金山天文臺) |
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| 納米技術與納米仿生學院(蘇州納米所) |
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| 應用化學與工程學院(長春應化所) |
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| 核科學技術學院 |
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| 環境科學與光電技術學院 |
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| 馬克思主義學院(中共安徽省委黨校共建) |
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| 微電子學院(長春光學精密機械與物理研究所共建) |
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| 軟件學院 |
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| 蘇州研究院 |
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| 上海研究院 |
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| 北京研究院 |
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| 先進技術研究院 |
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| 國家同步輻射實驗室 |
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| 合肥微尺度物質科學國家研究中心 |
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| 火災科學國家重點實驗室 |
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| 量子信息與量子科技前沿協同創新中心 |
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| 核探測與核電子學國家重點實驗室 |
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| 北京教學與管理部 |
