碧水源參與了國內多個政府性的污水處理項目，且其通過與地方城投等企業成立合資公司的方式，快速切入了各地污水及水務業務。
但是《第一財經日報》獲知，由于其參與的政府污水BT項目需要大量墊款，政府隨后分期付款，因而該公司的現金流較緊張，應收款也大幅提升。目前，其云南的11億污水處理項目就并沒有按期施工完畢，這也意味著此項目對碧水源的資金占用還將持續。
如果國家審計署對于地方債務審計后，認為一些地方財政開支過大且需要縮減財務支出規模的話，那么碧水源前期對BT項目的墊資款項有可能會存在風險，這種與地方城投公司成立合資企業，并拿下污水大單的業務模式，也面臨著考驗。
BT模式推動企業快速發展
事實上，碧水源登陸創業板并成功上市，并非憑借類似云南BT那樣的污水處理大單。其號稱擁有的大型膜生物反應器組器系統（下稱“MBR”）技術，被看作是一個重要籌碼，為其開拓國內正迅猛發展的水務市場藍海創造了先發優勢。歐洲50%以上污水處理都使用該技術，而中國使用該技術的市場份額不足1%，但市場需求卻呈現50%以上的增速。
但是，隨后碧水源MBR技術被提及的次數減少，反而其新的商業模式更加引人注目。
2011年5月的一則公告，是碧水源產業模式轉型的信號。當天其宣布砸下6億元（比上市的計劃募資額還多），與云南省水務產業投資有限公司合資設立云南水務產業投資發展有限責任公司（下稱“云南水務公司”），希望借助該平臺承建、改造云南當地的多個污水處理廠。碧水源預計，合資公司成立的1~3年，分別會實現4.1億~14.8億元的收入，利潤會在3年內達到2.5億元。這顯然對投資者有吸引力——2010年碧水源的總收入不過5億元。這家成立時間極短的合資公司在短短兩年多里在建及運營的項目有40多個，遍及云南省內15個地州，2012年年底實現3.3億營收、凈利潤1.54億元。
云南合資企業成立后的1個月，碧水源就獲得了11億元的滇池BT項目大單。
長江證券(行情,問診)一位分析師就曾分析，早前碧水源就已在滇池拿到幾個小項目，但獲得大單說明其在市政關系的投入上逐步進入收獲期。而據該公司招股書，2010年上市前，碧水源最大的BT項目不過3000萬元。
隨后，碧水源又與南京、湖南益陽、廣東等城投（或國企）分別成立合資企業，承接當地的污水處理、城市供水及固廢利用等項目。
BT隱憂：現金流吃緊
通過大力拓展市場，碧水源得到了快速擴張，但是其中也隱藏了一系列的問題。
其一，雖然2013年上半年碧水源的營收高達8.36億元，同比增加76.6%，但主要營收（估計有6億元）是依靠并表子公司——北京久安建設投資公司的收入而來。而外埠地區（除北京外）實現收入同比僅增加了17.52%。而部分合資子公司業績還出現了下降。如云南水務公司今年前6個月的凈利潤665萬元，凈利潤反而同比在下降。
其二，一些包括BT項目在內的項目，對公司的長期應收款、現金流等帶來了負面影響。
該公司上半年的長期應收款大幅增加了63.38%，已達16億元以上，并超過了同期的營業收入；其投資活動產生的現金流量凈額，也比上年同期減少了43%左右。另外，碧水源持有的貨幣資金大幅減少5.368億元，原因是該公司的經營性現金流已為負數。在上半年，雖然碧水源通過經營活動獲得了高達6億元的現金，但是企業的經營活動現金流出則有9.7億元。
不僅如此，2012年，碧水源的貨幣資金也由2011年的23.3億減少至19億，貨幣資金的減少與BT業務有直接關聯，當年BT項目的投資撥款就有6.94億元之高，而同期其營收也不過是17.71億元而已。同時，碧水源的應收賬款也達6.5億元，是2011年底的兩倍以上。碧水源解釋稱，除了主營收入增加而相應增加了應收賬款外，宏觀經濟調控對該公司的主要客戶——地方政府的支付進度，產生了較大的影響。
之所以BT項目會對該公司的部分財務指標產生較大影響，還是在于BT本身運作過程中的特殊模式所致。雖然企業可以通過這種項目獲取大量業務，而且地方政府也不熟悉專業，且可緩解資金緊張，但是BT業務背后仍然需要企業大量墊款。以云南滇池的11億污水處理BT項目為例，碧水源及下屬企業需承擔膜系統及設備系統，有4億~5億元，因而部分款項就會由其支出。昆明滇投（項目投資人）則會分五年支付工程費用及其他費用。而據記者了解，本來此項目在2012年結束，據有關企業介紹其目前仍未完工，因此可判斷碧水源被占用的資金周期也被拉長。
萬聯證券環保行業研究員宋穎就曾認為，政府財政狀況或許會影響BT項目，如果沒有財政資金，項目的收款、進度、時間都會受到影響。
對于地方債務審計將影響BT項目，甚至暫停BT項目的問題，碧水源董秘何愿平表示，影響是兩方面的，負面的是對BT項目有一定的影響，積極的方面是以后可能會更加民營化，這對于企業來說，也是機遇。
